سوڈیم ہائپوکلورائٹ کے جراثیم کش اصول میں بنیادی طور پر تین پہلو شامل ہیں:
ہائپوکلورس ایسڈ ہائیڈولیسس کے ذریعے بنتا ہے، اور ہائپوکلورس ایسڈ مزید گل کر نئی ماحولیاتی آکسیجن بناتا ہے۔ نئے ماحولیاتی آکسیجن کی مضبوط آکسیڈائزنگ خاصیت بیکٹیریا اور وائرس پر پروٹین جیسے مادوں کو ختم کرتی ہے، اس طرح روگجنک مائکروجنزموں کو ہلاک کر دیتی ہے۔
ہائپوکلورس ایسڈ بیکٹیریا (وائرس) میں گھس سکتا ہے اور نامیاتی پولیمر جیسے بیکٹیریل (وائرل) پروٹین، نیوکلک ایسڈز اور انزائمز کے ساتھ رد عمل ظاہر کر سکتا ہے، اس طرح روگجنک مائکروجنزموں کو ہلاک کر سکتا ہے۔
ہائپوکلورس ایسڈ کے ذریعہ تیار کردہ کلورائڈ آئن بیکٹیریا اور وائرس کے اوسموٹک دباؤ کو نمایاں طور پر تبدیل کر سکتے ہیں، جس کی وجہ سے ان کے خلیات سرگرمی سے محروم ہو جاتے ہیں اور مر جاتے ہیں۔