گندے پانی میں نقصان دہ مادوں کے علاوہ ان گنت بیکٹیریا اور وائرس بھی ہوتے ہیں۔ لہذا، نلکے کے پانی اور سیوریج ٹریٹمنٹ پلانٹس کے اخراج کے مرحلے کے دوران پانی میں موجود بیکٹیریا اور وائرس کو مارنے کے لیے کلورین ڈس انفیکشن کا وسیع پیمانے پر استعمال کیا جاتا ہے۔
صنعتی گردش کرنے والے ٹھنڈے پانی کے علاج میں، کلورین کو جراثیم سے پاک کرنے اور طحالب کو دور کرنے کے لیے بھی استعمال کیا جاتا ہے۔ پانی کی گردش کو ٹھنڈا کرنے کے عمل میں، پانی کے کچھ حصے کے بخارات بننے کی وجہ سے، پانی میں موجود غذائی اجزا مرتکز ہو جاتے ہیں، اور بیکٹیریا اور دیگر مائکروجنزم بڑی مقدار میں بڑھ جاتے ہیں اور آسانی سے کیچڑ کی گندگی بن جاتے ہیں۔ بہت زیادہ کیچڑ کی گندگی پائپ میں رکاوٹ اور سنکنرن کا باعث بنے گی۔
کلورینیشن میں عام طور پر بیکٹیریا اور دیگر مائکروجنزموں کو مارنے کے لیے پانی میں کلورین ڈالنا شامل ہوتا ہے، عام طور پر بوتل بند کلورین میں۔
جراثیم کش اثر کو برقرار رکھنے کے لیے، بقیہ کلورین کو ہمیشہ خارج ہونے والے پانی میں {{0}}.5 ~ 1mg/L اور پانی کی فراہمی کے نیٹ ورک کے آخر میں 0 پر رکھا جانا چاہیے۔ .05 ~ 0.1mg/L